Nicolas Pépé ha dato ai padroni di casa un vantaggio iniziale prima che Luismi Cruz pareggiasse con un assist di Aubameyang, e un autogol di Adama Traoré ha ripristinato il vantaggio del Villarreal prima che Zakaria Eddahchouri pareggiasse di nuovo, sempre assistito da Aubameyang, prima del gol decisivo del Gabonese nel finale.
Il risultato lascia la squadra di Íñigo Pérez ancora senza vittorie dopo quattro partite di campionato in vista del viaggio in Champions League a Borussia Dortmund, mentre il Deportivo promosso rimane imbattuto.
Pérez è stato riluttante a nascondersi dietro alla direzione arbitrale o agli errori individuali quando ha valutato la sconfitta.
"Sono d'accordo. Ma al di là degli errori che possono accadere nel calcio, dobbiamo guardare e correggere altre cose, perché anche senza fare quegli errori e trovare una vittoria, la sensazione sarebbe stata simile," ha detto. "Penso che ci sia mancato qualcosa che, come allenatore, sto cercando e che forse non ho trovato."
Il tecnico del Villarreal è stato chiaro che il cattivo avvio del club necessita di un'attenzione urgente prima dell'apertura della Champions League di mercoledì.
"Il giocatore è in grado di ritrovare fiducia in due giorni, sapendo di averlo fatto molte volte prima, che hanno avuto successo, che creano occasioni, che possono vincere a Dortmund," ha detto.
"Questo non mi preoccupa e so che saranno pronti, ma questo inizio di stagione ci dà alcuni sintomi, alcune campane d'allerta, che dobbiamo affrontare urgentemente affinché non si ripetano."
Pérez ha trovato un aspetto positivo da portare via dal pomeriggio nella prestazione di un nuovo arrivato.
"Uno degli aspetti positivi è stata l'emergere di Nathan. Penso che abbia avuto una partita molto importante. Con poco tempo in campo ha mostrato energia, ha mostrato qualità, e penso che sia qualcosa a cui aggrapparsi," ha detto, riferendosi all'acquisto estivo Nathan Saliba.
Antonio Hidalgo, nel frattempo, era entusiasta di vedere la sua squadra newly promoted Deportivo conquistare un prestigioso scalpo.
"Questa è una strada molto lunga, c'è meno tempo per la salvezza, ma ci sono ancora molti punti necessari per l'obiettivo del club, che è rimanere in A," ha detto il tecnico del Deportivo. "Abbiamo ottenuto una vittoria brutale contro una grande squadra."
Hidalgo ha lodato il coraggio dei suoi giocatori dopo essere andati due volte in svantaggio.
"Alla fine, i rivali nella massima serie richiedono molto da te, devi essere coraggioso, e noi abbiamo coraggio e incisività, ed è una grande virtù," ha detto, prima di rivolgersi al suo attaccante di punta.
"Devi vedere come si allena e il sorriso che trasmette a tutti. Sono fortunato ad avere giocatori affamati e di alta qualità -- dobbiamo continuare a lavorare sodo e combattere per i tre punti contro il Getafe la prossima volta."