L'avertissement survient après que la Premier League a déclaré City coupable de presque toutes les 115 accusations portées contre le club pour des violations financières présumées.
Le Telegraph rapporte que des responsables émiratis ont averti le gouvernement que des milliards de livres sterling d'investissements futurs potentiels pourraient désormais être retirés en raison de la décision.
Parmi les projets potentiellement affectés se trouve le corridor technologique proposé Oxford-Cambridge, pour lequel les ministres cherchent des investissements privés afin de le développer en tant que principal pôle technologique et de sciences de la vie au Royaume-Uni.
Le gouvernement s'est engagé à investir 500 millions de livres dans le projet mais cherche environ 10 milliards de livres d'investissements privés, Abu Dhabi étant considéré comme une source potentielle importante.
Le différend a également soulevé des questions sur la relation entre le président de Manchester City, Khaldoon Al Mubarak, et les ministres britanniques de haut niveau.
Al Mubarak a rencontré le secrétaire aux affaires Jonathan Reynolds à Downing Street deux semaines avant que la Premier League n'annonce son verdict contre City. Le ministère des Affaires et du Commerce a déclaré que la réunion était axée sur le commerce, la défense et la sécurité plutôt que sur le club de football.
À l'époque, Al Mubarak savait déjà que City avait été déclaré coupable, bien que les détails de la décision n'aient pas encore été rendus publics.
Les préoccupations des Émirats ont dépassé les projets d'investissement spécifiques. Bloomberg a rapporté que des responsables croyaient que les actions de la Premier League pourraient influencer la relation plus large entre les Émirats et le Royaume-Uni.
La situation a également placé Andy Burnham sous surveillance après que l'ancien maire de Greater Manchester a déclaré qu'il serait "vraiment préoccupé" si les propriétaires de City décidaient de vendre le club.
Ils ont été un partenaire si important dans la construction de Manchester moderne," a déclaré Burnham. "Évidemment, la construction de Manchester City en la force mondiale qu'elle est."
Downing Street a ensuite souligné que personne ne pouvait être considéré comme au-dessus des règles après les commentaires de Burnham.
Le jugement initial [contre City] est sérieux et il ne peut y avoir aucune suggestion que quiconque soit au-dessus des règles," a déclaré Downing Street.
Manchester City a rejeté les conclusions de la Premier League et a déclaré qu'il ferait appel du verdict.
La Premier League a déclaré le club coupable d'avoir organisé ce qu'elle a décrit comme des "contrats fictifs" et d'avoir artificiellement gonflé ses résultats financiers de plus de 900 millions de livres pour contourner les règles de dépenses, selon le rapport fourni.
L'affaire pourrait donc avoir des conséquences dépassant le cadre du football, le verdict étant désormais lié aux efforts du Royaume-Uni pour sécuriser des investissements majeurs des Émirats.
Pour le gouvernement, le défi immédiat est de maintenir la relation avec Abu Dhabi tout en permettant au processus disciplinaire des autorités du football de se poursuivre indépendamment.