Le joueur de 39 ans a effectué sa 208e et dernière apparition pour l'Argentine devant une foule comble de 85 000 personnes au Monumental, mettant fin à une carrière internationale extraordinaire.
Messi a adressé un message aux supporters pendant presque 10 minutes après le match, admettant qu'il ne voulait pas que ce moment se termine alors que ses coéquipiers, dont le milieu de terrain de Manchester City Enzo Fernandez, étaient visiblement émus.
"Il y a tellement d'émotions qui me traversent en ce moment. Je suis sûrement en train d'oublier beaucoup de choses que j'aimerais dire parce que c'est un moment très difficile pour moi," a déclaré Messi.
"La première personne qui me vient à l'esprit est mon père. Je pars reconnaissant, fier et en paix. Merci pour tout."
Le père de Messi, Jorge, est décédé à l'âge de 68 ans après une longue maladie, et le match contre le Bénin était la première apparition de l'attaquant pour l'Argentine depuis sa mort.
Il avait annoncé sa retraite internationale en août, disant que la décision était douloureuse mais que le moment était venu. Sa dernière apparition a été marquée par des feux d'artifice, de la musique, un spectacle de lasers et un immense maillot de l'Argentine portant son numéro 10 et le mot 'gracias'.
La relation de Messi avec l'équipe nationale a commencé en 2005, lorsqu'il a été expulsé moins d'une minute après être entré en tant que remplaçant contre la Hongrie.
Il est devenu l'un des plus grands joueurs d'Argentine, remportant la Coupe du Monde 2022 et deux titres de Copa America.
"Je n'ai plus rien à faire d'autre que de remercier ce maillot," a déclaré Messi.
"Pendant 20 ans, même à travers les pires moments, je n'ai jamais cessé de me battre, d'avancer, de donner tout ce que j'avais et de vouloir être ici."
Messi a admis que quitter l'Argentine sera douloureux après avoir passé deux décennies à représenter son pays.
"Ne plus venir ici et ne plus être avec l'équipe nationale d'Argentine va faire très mal," a-t-il déclaré. "Si cela ne tenait qu'à moi, j'aimerais être ici toute ma vie, car jouer pour l'Argentine est la plus belle chose qui soit."
L'attaquant a également réfléchi à l'effort nécessaire pour atteindre la finale de la Coupe du Monde cet été.
"Nous étions très proches de la gagner à nouveau," a déclaré Messi. "En 2022, nous avions le rêve de réaliser non seulement mon rêve, mais le rêve d'un pays entier : redevenir champions du monde. Et nous l'avons fait."
La carrière de club de Messi se poursuivra avec l'Inter Miami, où il est sous contrat jusqu'à la fin de la saison 2028.