L'attaquant d'Al-Nassr, âgé de 41 ans, a rencontré Jesus mercredi dans une tentative de régler la situation après avoir été laissé sur le banc lors de la victoire en Ligue des Nations.
Ronaldo a ensuite annoncé qu'il avait décidé de quitter l'équipe nationale.
"Après la conférence de presse de l'équipe nationale, et suite à une conversation avec le Président de la Fédération portugaise de football, j'ai décidé de quitter l'équipe nationale," a-t-il écrit sur Instagram.
"Avec le temps, je raconterai à tous les Portugais la vérité sur les raisons qui m'ont poussé à quitter l'équipe nationale, à laquelle je me suis toujours consacré.
"Il est maintenant temps de souhaiter bonne chance à Portugal et à tous mes coéquipiers, sans exception."
La décision est intervenue peu après que Jesus ait abordé la situation lors de sa propre conférence de presse.
L'entraîneur du Portugal a déclaré qu'il n'y avait pas eu d'incident majeur entre lui et Ronaldo, bien qu'il ait reconnu que l'attaquant était mécontent après avoir passé le match contre la Norvège sur le banc.
"Il n'y a eu aucun incident," a déclaré Jesus.
"Tout joueur - et j'étais moi-même un joueur - quand vous passez 20 ou 30 minutes à vous échauffer et que vous ne rentrez pas, personne n'est content de cela."
Jesus a expliqué qu'il avait initialement prévu d'utiliser Ronaldo comme remplaçant mais a finalement décidé de ne pas le faire entrer.
"Ensuite, en tant qu'entraîneur, j'ai décidé de ne pas le faire entrer. Ce n'est rien pour en faire tout un plat," a-t-il déclaré.
Il a également insisté sur le fait que le statut de Ronaldo n'influencerait pas ses décisions.
"La façon dont je lisais le jeu (contre la Norvège), il n'est pas entré," a déclaré Jesus.
"Parce que ce n'est pas Cristiano, tout comme ce ne sera jamais un joueur qui changera mes idées en tant qu'entraîneur. Jamais ! Pas lui, pas n'importe qui dans le football. Pas lui, pas n'importe quel président. Jamais ! Zéro !"
Goncalo Ramos a commencé contre la Norvège et a marqué le but de la victoire, Jesus indiquant par la suite que l'attaquant d'AC Milan commencerait également le prochain match contre le Danemark.
Le départ de Ronaldo soulève de nouvelles questions sur l'avenir de sa carrière internationale.
Il avait récemment parlé de son désir de continuer à représenter le Portugal, disant qu'il croyait encore qu'il pouvait aider l'équipe nationale et qu'il s'arrêterait quand il sentirait qu'il ne pouvait plus contribuer.
"Je crois encore que je suis capable d'aider l'équipe nationale à atteindre ce qu'elle veut, et je finirai quand je sentirai que je ne fais rien ici," a déclaré Ronaldo précédemment.
"Je pense que je peux apporter à l'équipe nationale mon soutien, non seulement à travers les buts, mais aussi en dehors du football."
Ronaldo a remporté 234 sélections avec le Portugal et a marqué 146 buts internationaux.
Sa dernière décision intervient après que sa relation avec Jesus a été scrutée juste quelques mois après que l'entraîneur a pris les rênes de l'équipe nationale.
Jesus a maintenu que sa décision de ne pas utiliser Ronaldo sur le banc contre la Norvège était purement tactique.
Ronaldo, cependant, a déclaré qu'il expliquerait finalement les raisons de sa décision de quitter l'équipe nationale.