Núñez est retourné en Angleterre de manière inattendue pendant la dernière trêve internationale après avoir été impliqué dans des rapports de tension avec le staff technique chilien.
Córdova a maintenant rejeté les suggestions selon lesquelles il aurait ordonné au joueur de 25 ans de partir, insistant sur le fait que la décision venait du joueur lui-même.
"Beaucoup de versions sont apparues. Pour une question personnelle, il a pris la décision de quitter le groupe," a déclaré Córdova.
"J'ai appris cela le matin après le match contre les États-Unis, et nous sommes allés à l'entraînement. Il s'est entraîné et, sur le chemin du retour, a décidé de rester pour pouvoir aller en Angleterre, pendant que nous voyagions ici."
Le manager a ensuite été interrogé directement sur les rapports d'argument entre lui et Núñez.
"C'est quelque chose que vous devez lui demander. Vous n'avez pas à me le demander," a répondu Córdova.
"C'était sa décision. Ce n'est pas que je l'ai expulsé de l'équipe nationale. Ce n'est pas que j'ai eu une dispute avec lui."
Córdova a maintenu que Núñez est responsable d'expliquer les raisons de son départ et a déclaré qu'il n'avait pas l'intention de parler au nom du milieu de terrain.
"Je n'ai pas grand-chose d'autre à ajouter car c'était une décision complètement personnelle, déterminée par des raisons qu'il devra expliquer," a-t-il dit.
"Je n'ai pas à expliquer les décisions des autres."
Le sélectionneur chilien a reconnu que perdre un joueur de l'équipe n'était pas idéal, en particulier pendant une fenêtre internationale.
"Ce n'est pas agréable quand un joueur part. Nous en sommes très clairs," a-t-il dit.
Núñez a reçu le soutien de certains joueurs chiliens et d'observateurs locaux pendant le conflit, tandis que des rapports ont continué à soulever des questions sur ce qui s'est passé en coulisses.
La version de Córdova diffère néanmoins des suggestions selon lesquelles le milieu de terrain aurait été renvoyé chez lui après une confrontation.
Le manager a déclaré qu'une fois que Núñez était parti, son attention était immédiatement revenue sur les joueurs restés avec l'équipe et la préparation pour le dernier match du Chili de la trêve internationale contre le Mexique.
Cela laisse Núñez comme la seule figure principale à ne pas avoir encore expliqué publiquement sa version des événements.
Pour Ipswich Town, le retour du milieu de terrain en Angleterre ramène la controverse dans l'environnement du club, avec des questions demeurant sur l'effet que le désaccord aura sur son implication future avec le Chili.
Córdova, cependant, insiste sur le fait que la décision de partir était uniquement celle de Núñez.