Los entrenadores asistentes Tom Cichon y Patrick Kohlmann también han dejado el club, con la salida de Werner confirmada el miércoles.
El director deportivo Marcel Schafer dijo que la decisión siguió a una revisión exhaustiva de la temporada.
"Hemos pasado los últimos días realizando una revisión final exhaustiva de la reciente temporada," dijo Schafer. "El martes por la noche decidimos que era necesario un cambio de entrenador principal."
Schafer agradeció a Werner y su personal por su parte en la reconstrucción de Leipzig.
"Queremos agradecer a Ole, Tom y Patrick por todo su arduo trabajo y compromiso en RB Leipzig," dijo. "Jugaron un papel importante en nuestra exitosa reconstrucción y en la clasificación para la Champions League. Aun así, creemos que los desafíos que tenemos por delante requieren nuevas ideas y un enfoque diferente."
Jan Zimmermann, otro asistente bajo Werner, permanece con el club por ahora, con RB Leipzig aún sin confirmar si se quedará bajo un nuevo entrenador principal.
Jurgen Klopp, jefe de fútbol global de Red Bull, abordó la decisión en una entrevista con Magenta TV, donde está trabajando como comentarista de la Copa del Mundo.
"Actuamos en calidad de asesores como el Equipo Global," dijo Klopp. "Eso significa que estuvimos involucrados en el proceso de toma de decisiones. Analizamos la temporada -- Ole hizo un gran trabajo, nos clasificamos para la Champions League. Pero al mismo tiempo también tenemos que mirar hacia adelante."
Se informa que el despido de Werner, junto con el de su personal técnico, costará a RB Leipzig alrededor de 3.5 millones de euros, con el hombre de 38 años teniendo un año restante en su contrato.
Martin Demichelis, actualmente entrenador principal en RCD Mallorca, es el candidato principal para reemplazar a Werner, con informes en Alemania y España que indican que Leipzig está listo para activar una cláusula de liberación de 2.5 millones de euros en su contrato.
El periodista de Sky Florian Plettenberg ha informado que se espera que Demichelis sea confirmado como el sucesor de Werner.
Klopp se negó a entrar en detalles cuando se le preguntó sobre Demichelis.
"Realmente no puedo decir nada sobre eso en este momento," dijo. "No me involucro en especulaciones."
Werner había llevado a Leipzig de regreso a la Champions League a pesar de una importante reestructuración de la plantilla que vio a Xavi Simons, Lois Openda y Benjamin Sesko abandonar el club el verano pasado.