Balogun fue expulsado en el minuto 64 de la victoria de Estados Unidos en los dieciseisavos de final sobre Bosnia y Herzegovina el miércoles, habiendo puesto ya a su equipo por delante.
El delantero fue juzgado por el árbitro, tras una revisión del VAR, por haber pisado la parte trasera del pie del defensor Tarik Muharemovic. Las repeticiones mostraron el pie extendido de Balogun aterrizando en el tobillo giratorio de su oponente mientras ambos competían por el balón.
Balogun también pareció sufrir una lesión en la colisión, pero el árbitro optó por expulsarlo después de consultar el monitor al borde del campo. Pochettino fue tajante después, afirmando que el desafío no tenía intención maliciosa.
"Para mí, nunca es una tarjeta roja," dijo Pochettino. "Nunca fue (su) intención pisar al jugador.
"Fue una acción normal en el fútbol, que estás luchando por el balón, y tus pies aterrizan, ¿no? Sí, tal vez fue un poco dura, la escena, de ver. Pero creo que nunca fue intencional."
Christian Pulisic respaldó la evaluación de su entrenador sobre el incidente, insistiendo en que su compañero no había hecho nada que justificara una sanción tan severa.
El delantero de Estados Unidos dijo que Balogun "no merecía la tarjeta roja," describiendo la decisión como "desafortunada."
Según las regulaciones de la FIFA, la expulsión desencadena una suspensión automática para el próximo partido de Estados Unidos, una que no puede ser apelada, confirmó un portavoz de la FIFA a los reporteros.
Pochettino sugirió que aún esperaba que la prohibición pudiera ser revocada.
Dijo que "debería ser justo" apelar la decisión, pero admitió que tendría que sopesar "diferentes opciones" si esa vía no tenía éxito.
Ricardo Pepi, que juega para el PSV Eindhoven, ocupó el puesto de delantero cuando Balogun fue descansado para el último partido de la fase de grupos contra Turquía.
Balogun nació en Nueva York pero creció en Inglaterra antes de calificar para representar a Estados Unidos, y se ha convertido en una figura clave en la línea de ataque de Pochettino en esta Copa del Mundo.
El jugador de 24 años ha anotado tres veces en el torneo, incluyendo un doblete en la victoria inaugural sobre Paraguay, dejándolo a solo dos goles del récord de todos los tiempos de Estados Unidos en la Copa del Mundo de Landon Donovan de cinco.
Pochettino admitió que la tarjeta roja había dejado a Balogun con emociones encontradas de cara al partido contra Bélgica.
"Está muy decepcionado, porque creo que fue una acción que fue involuntaria. Pero también está feliz porque nos clasificamos," dijo Pochettino. "No podemos hacer nada para cambiar ese sentimiento. Eso ya pasó. Eso es fútbol. Necesita entender que este tipo de situaciones suceden."
Pochettino terminó con una nota de optimismo sobre las perspectivas de su equipo sin su delantero en forma.
"Seguro que nos va a ayudar a rendir. Espero que podamos llegar a la siguiente ronda y (él) esté disponible nuevamente."