Guimarães se unió al Arsenal en un traspaso de 75 millones de libras este verano tras negociaciones prolongadas entre los dos clubes, durante las cuales el Newcastle United rechazó varias ofertas antes de finalmente acordar vender al centrocampista brasileño.
Era un firme favorito de los aficionados en Tyneside, pero supuestamente presionó para el traslado una vez que se conoció el interés del Arsenal, dejando al Newcastle para sancionar su salida de manera reacia.
"No queríamos perder a Bruno Guimarães. Eso fue realmente decepcionante, que llegáramos a ese punto al final, aunque estábamos contentos con lo que logramos en términos de números," dijo Wilson a Sky Sports.
"Eso no formaba parte de nuestro plan. Todo lo demás que sucedió durante la ventana formaba parte del plan."
El verano del Newcastle también vio a Sandro Tonali irse al Tottenham y a Anthony Gordon partir, con los ingresos de las tres ventas reinvertidos en fichajes que incluyen a Sean Steur, Lukas Hornicek, Amad Dedic y Nico Gonzalez mientras el club buscaba remodelar su plantilla mientras equilibraba las cuentas.
La agitación se vio agravada por la sorpresiva salida de Eddie Howe en agosto, alimentando una percepción desde fuera del club de que la ventana había descendido al desorden, con el director deportivo ahora encargado de estabilizar el barco junto a un nuevo entrenador principal.
Wilson se opuso firmemente a esa caracterización.
"Sinceramente, nunca se sintió caótico por dentro. No tiene sentido que pretendamos lo contrario," dijo. "Eso no significa que cada jugador que firmó fuera el nombre número uno en nuestra lista, pero eso nunca es el caso en ninguna ventana de transferencias. Claramente nos decepcionó un par de veces, pero, de nuevo, eso es normal.
"Ningún club entra en la ventana y llega al final obteniendo todos los objetivos que se propusieron. Si dicen que lo hicieron, es una mentira."
Añadió que el Newcastle consideraba su negocio para la temporada completo, aunque no necesariamente final, dejando la puerta abierta para más llegadas.
"Hemos construido una plantilla para la temporada. Eso no significa que no podamos hacer más alteraciones en enero."