Croacia comenzó fuerte y tomó la delantera en el minuto 17. Ivan Perisic reaccionó más rápido después de que Unai Simón había negado a Josip Stanišić, cabeceando el rebote para poner a los anfitriones por delante.
España luchó por crear oportunidades claras antes del medio tiempo, pero Luis de la Fuente introdujo a Mikel Merino desde el banquillo y el centrocampista transformó el partido.
Merino empató en el minuto 61, finalizando con calma después de que España finalmente creó espacio en la defensa de Croacia. El centrocampista del Arsenal luego completó la remontada a dos minutos del final, controlando el pase de Martín Zubimendi antes de disparar a gol.
Croacia también se quedó con 10 hombres cuando Perisic fue expulsado tras recibir una segunda tarjeta amarilla, dejando a España con la ventaja numérica en las etapas finales.
Merino dijo que su mentalidad tenía que permanecer positiva a pesar de haber sido excluido del XI inicial.
"Estoy muy feliz de poder ayudar al equipo de nuevo. Tuve que salir del banquillo y tienes que salir con una buena actitud incluso si las cosas no van a tu favor y estás enojado por no empezar," dijo. "Dar lo mejor de mí porque esta es la selección nacional, una familia."
El centrocampista también explicó lo que De la Fuente le pidió en el medio tiempo.
"Luis me dijo que tenía que salir y hacer lo que sé hacer, tener más el balón y hacer que nuestras posesiones duren más. Y también atacar el área y tratar de hacer daño. Y eso es lo que hice," dijo Merino.
Luis de la Fuente elogió a sus jugadores por recuperarse de un primer tiempo difícil.
"Estoy muy orgulloso de estos jugadores por muchas razones. Siempre podría estar agradeciéndoles. Fue un partido muy difícil, pero reaccionamos bien," dijo. "En la primera mitad sufrimos mucho, pero en la segunda mitad tuvimos la calma para crear oportunidades y para que Mikel Merino apareciera una vez más."
El entrenador de España también destacó la importancia del portero Unai Simón, cuyas paradas mantuvieron a los visitantes dentro del alcance de una remontada.
Hubo más elogios para Merino, con De la Fuente describiéndolo como un jugador de alto nivel y diciendo que España no siempre le da suficiente crédito.
La victoria extiende la racha invicta de España y los envía a los cuartos de final de la Liga de Naciones, con cuatro victorias en cuatro partidos en su grupo.