Fernandez finalmente obtuvo su deseo en forma de un traspaso de £125 millones en el día límite a Manchester City, una tarifa que igualó el récord de transferencia británico establecido por la firma de Alexander Isak por parte de Liverpool el verano anterior, habiendo coqueteado anteriormente con un movimiento hacia el Real Madrid. Chelsea mantuvo su posición por la máxima tarifa posible antes de sancionar la venta, pero la demora los dejó sin un reemplazo en el mediocampo después de que un intento tardío de fichar a Lamine Camara del Mónaco colapsara cuando el club francés se retiró del acuerdo, un desarrollo que supuestamente dejó a la jerarquía de Chelsea furiosa.
El vicecapitán Fernandez sintió que ya no tenía una relación con sus compañeros de equipo en Chelsea y presentó no una sino dos solicitudes de transferencia por escrito durante el verano en su intento de forzar un movimiento fuera de Stamford Bridge.
Su tiempo en el oeste de Londres ya había sido turbulento mucho antes de eso. El club lo apoyó después de que fue filmado cantando un cántico racista sobre la selección nacional francesa, y continuó dándole tiempo de juego la temporada pasada a pesar de lo que fue visto como un desprecio público hacia el club. En el campo, sin embargo, Chelsea obtuvo una ganancia saludable en el trato, y Fernandez fue una figura clave en el equipo que ganó la Copa del Mundo de Clubes y la Conference League como uno de los primeros fichajes importantes de la era de propiedad de BlueCo.
Su conducta contrastó marcadamente con la de Pedro Neto, quien recientemente fue recompensado con un nuevo contrato que se extiende hasta 2032 a pesar del interés de Manchester City y la Saudi Pro League, eligiendo en su lugar luchar por su lugar bajo Xabi Alonso y abrazar un nuevo rol como lateral.
Fernandez también había criticado públicamente al club la temporada pasada por su decisión de dejar ir a Enzo Maresca a Manchester City, diciendo que no entendía la razón detrás de la sanción de la salida del italiano.
"No lo entiendo. A veces hay cosas que nosotros como jugadores no entendemos, cómo y de qué manera intentan gestionar las cosas," dijo Fernandez en ese momento. "Obviamente, fue una salida que nos dolió mucho, especialmente en medio de la temporada, corta todo. Teníamos una identidad.
"Él nos dio una orden, aunque, como es el camino del fútbol, a veces es bueno y a veces malo. Pero siempre tuvo una identidad muy clara cuando se trataba de entrenar y jugar."
Fernandez y Maresca se mantuvieron en contacto regular después de la salida del italiano, una amistad que supuestamente dejó a Chelsea decepcionado con su vicecapitán durante un período difícil tanto dentro como fuera del campo, a pesar de que no hay nada en contra de que los jugadores se mantengan en contacto con exentrenadores. Maresca hizo de Fernandez su objetivo de transferencia número uno mientras City renovaba su mediocampo este verano, también incorporando a Ayyoub Bouaddi y Elliot Anderson mientras permitía que Rodri se fuera a Barcelona.