Karl, 18, puso a los campeones alemanes por delante justo antes del medio tiempo y celebró poniendo su dedo en los labios en un gesto de "silencio" hacia los aficionados locales, quienes lo tomaron como una provocación y abuchearon al extremo durante el resto del partido.
Harry Kane logró asegurar una victoria de 2-1 para el Bayern, pero Karl sintió la necesidad de aclarar su celebración después.
"Son las emociones las que toman el control. Lo siento si los aficionados me malinterpretaron, esa no era la intención," dijo Karl.
"La mayoría de los aficionados al fútbol saben que se trata de emociones, y que simplemente es parte del juego. Lo siento por eso."
Elversberg, recién ascendido a la Bundesliga, había esperado causar una gran sorpresa contra los visitantes, y aunque el shock no se materializó, el equipo local mostró una actuación impresionante y estuvo cerca de llevarse un punto de los campeones frente a sus propios aficionados.
El centrocampista Maximilian Rohr estaba contento con el rendimiento de su equipo a pesar de la derrota.
"Podríamos haber perdido, pero estoy muy feliz de haber jugado contra un equipo así," dijo Rohr al sitio web oficial del Bayern Múnich. "Creo que lo hicimos bien, y podemos estar orgullosos de nuestra actuación."
Elversberg ha tenido un comienzo sólido en la Bundesliga, con seis puntos de tres partidos tras su ascenso, y viajarán a enfrentar al Schalke 04 en su próximo partido de liga mientras buscan construir sobre un comienzo alentador.