El centrocampista portugués ha rechazado dos ofertas de contrato del United, con su acuerdo actual a punto de expirar al final de la temporada. Sin embargo, el club tiene una opción para extender su estancia por 12 meses más.
El Manchester United está interesado en mantener a su capitán, pero se entiende que Fernandes quiere evaluar la dirección del club bajo Pochettino antes de tomar una decisión sobre un nuevo contrato.
Una fuente dijo The Sun: "Bruno quiere ver qué sucede en el resto de esta temporada antes de comprometerse.
"Su relación con el club ha tenido altibajos en los últimos años.
"Disfrutó de la mejor temporada de su carrera, pero está descontento con algunas de las decisiones desde que Sir Jim Ratcliffe e Ineos compraron el club.
"Sabe que Poch es un buen entrenador, pero quiere ver que el club lo respalde adecuadamente; él y algunos otros jugadores piensan que han sido preparados para fracasar esta temporada."
La misma fuente afirmó que había frustración entre los jugadores por el reclutamiento y la toma de decisiones del club, particularmente por la falta de un nuevo lateral izquierdo durante el verano.
"Los jugadores creen que la falta de comprar otro lateral izquierdo en el verano fue inexcusable.
"Están desconcertados por algunas de las decisiones.
"Hay una desconexión entre los jugadores y la jerarquía."
Fernandes ha sido una figura central en Old Trafford desde que se unió al Sporting en 2020, pero la difícil temporada del United ha creado incertidumbre sobre su futuro.
Recientemente fue dejado fuera por Michael Carrick tras la derrota ante Como en la Liga de Campeones, habiendo criticado supuestamente las tácticas del entrenador. Carrick fue despedido posteriormente tras el mal inicio del United en la campaña de la Premier League.
Pochettino ha sido nombrado ahora como su sucesor, y el United espera que el argentino pueda ayudar a persuadir a Fernandes para que permanezca en el club.
La posición contractual del centrocampista le da al club cierta protección. Si no se llega a un nuevo acuerdo, el United puede activar el año adicional antes de enero, impidiendo que negocie un acuerdo precontractual con un club extranjero durante la ventana de invierno.
Esa opción es importante porque, sin una extensión, Fernandes podría hablar con clubes fuera de Inglaterra a partir de enero con vistas a salir en un traspaso gratuito cuando expire su contrato.
El United ha dejado claro que quiere que se quede, y se espera que el club continúe las discusiones con sus representantes. Sin embargo, Fernandes ya ha rechazado dos propuestas, lo que significa que la llegada de un nuevo entrenador puede ser un factor importante para determinar si las negociaciones avanzan.
La primera tarea de Pochettino será mejorar los resultados y restaurar la confianza en Old Trafford. Si también puede convencer al capitán de que el United se está moviendo en la dirección correcta, podría resultar igual de significativo para los planes a largo plazo del club.