Ipswich Town se adelantó en el minuto 29 a través de Leif Davis después de que Abdul Fatawu desbordara a Luke Shaw, pero el Manchester United empató justo antes del descanso cuando Fernandes finalizó una jugada confusa tras un resbalón de Darwin Núñez.
El capitán luego convirtió un segundo gol controvertido - el disparo de Harry Maguire se desvió en Jacob Greaves a pesar de un reclamo por mano - antes de añadir un penalti y un tercer gol, con Bryan Mbeumo anotando un quinto. El suplente Chuba Akpom redujo la diferencia en el tiempo de descuento, pero apenas afectó el marcador.
Michael Carrick elogió cómo su equipo respondió después de ir por detrás.
"Fue una buena victoria. Al final fue una victoria realmente buena. Jugamos un fútbol muy bueno. Lo más importante hoy fue la mentalidad de los chicos para superar los contratiempos," dijo. "Controlamos el juego bastante bien en su mayor parte. Los chicos lo asumieron muy bien y fuimos fabulosos."
Sobre Fernandes, en la misma semana en que recibió el premio al Jugador del Año de la PFA, Carrick añadió:
"Hoy mostró su calidad. Bruno hizo lo que mejor sabe hacer. Ha tenido una gran semana ganando premios. Tres goles y una actuación fantástica. Es toda la mentalidad de lidiar con ello y confiar el uno en el otro.
"La semana pasada no salió bien para nosotros y lo aceptamos. Hoy fue mucho mejor."
Sobre el negocio del verano, Carrick dijo: "Creo que hemos hecho un negocio fantástico y lo hemos hecho muy bien con el dinero que hemos gastado. El espíritu es bueno y quieren luchar por los demás."
El entrenador de Ipswich, Gary O'Neil, sintió que el colapso de su equipo dependía de un cruel periodo a ambos lados del medio tiempo.
"Si miras la última media hora, el Man Utd creó muchas oportunidades. El resbalón para el gol fue desafortunado, estábamos en control y perdimos a nuestro delantero en el medio tiempo. Luego una gran desviación y mano. Te encuentras 2-1 abajo," dijo O'Neil.
"El tercer gol fue un mal paso. Estoy orgulloso de los jugadores por seguir adelante y conseguir un gol al final. Es una derrota en Old Trafford para un equipo recién ascendido."
Sobre el debate del mano no concedido, añadió: "No se siente como un gol. Se siente como si debería ser anulado, pero aceptamos que no lo es y esa es la regla."
Fernandes reflexionó sobre una semana vertiginosa que terminó con estilo.
"Estuvimos en control del juego y luego concedimos el gol, perdimos un poco de control después de eso, pero luego volvimos al juego, anotamos justo antes del medio tiempo y en la segunda mitad fuimos brillantes," dijo.
"Es un gran reconocimiento para mí, pero es junto con el equipo porque no podría hacer nada de eso sin su ayuda. Hay ciertos días que lo sientes. Es uno de esos días en que todo llega a ti y tienes que aprovecharlo."