Se espera que el jugador de 30 años llegue a Arabia Saudita el viernes para completar un traspaso de £51 millones, con el Villa listo para finalizar la firma de Nicolas Jackson del Chelsea por £65 millones como su reemplazo.
Emery elogió la conducta de Watkins durante sus seis años en Villa Park y confirmó que él y el equipo habían aceptado la disculpa del delantero después de que se declaró indisponible para la derrota del domingo en la Premier League contra Brighton & Hove Albion.
Watkins se marcha como el máximo goleador del Villa en la Premier League con 91 goles, parte de un total general de 108 en todas las competiciones desde que se unió al Brentford por £28 millones en 2020. Fue una figura central en el triunfo del Villa en la Europa League en mayo, y su forma este año le valió un lugar en la selección de Inglaterra para la Copa del Mundo de este verano.
"Nos dijo después del partido contra Brighton que lo sentía y que había cometido un error. Estaba equivocado, pero lo aceptamos. Los jugadores también," dijo Emery.
"Su compromiso y su comportamiento fueron fantásticos. Es un tipo fantástico - un tipo fantástico aún más que un jugador. Le dije 'adiós' con un gran abrazo y con pequeñas lágrimas.
"Pero ahora es un nuevo capítulo aquí con Nicolas Jackson."
El Villa ha acordado términos para Jackson y está trabajando para que el internacional senegalés esté registrado a tiempo para la visita del Arsenal el lunes.
Watkins se convierte en la última figura experimentada en abandonar Villa Park este verano, y Emery instó a los aficionados a confiar en la estrategia del club a pesar de la salida de varios miembros clave del personal de la exitosa campaña de la temporada pasada.
"Tomamos decisiones porque es bueno para el club," dijo Emery. "Por supuesto, no queremos ser un club que vende jugadores, pero la responsabilidad está ahí. Es una locura [el dinero por alguien] de 30 años y £50 millones por Ezri Konsa [que tiene 28].
"Cómo nos desarrollamos en el último año con algunos jugadores y cómo podemos vender algunos jugadores ahora es completamente la decisión correcta. Tenemos que reconstruir el equipo lo más rápido posible. [Los aficionados] tienen que aceptar nuestra forma y por qué estamos tomando algunas decisiones."
Como parte de esa reconstrucción, Leon Goretzka completó un traspaso gratuito al Villa el jueves después de dejar el Bayern Múnich al final de la temporada pasada. El centrocampista alemán ganó siete títulos de Bundesliga y la Champions League durante su tiempo en Baviera.
"Es un ganador. Es un jugador muy competitivo - un buen jugador para añadir a nuestro equipo," dijo Emery sobre Goretzka. "Es versátil y llega en forma y entrenando bien. Esperemos que el lunes pueda estar en el campo."