El delantero de Al-Nassr de 41 años se reunió con Jesús el miércoles en un intento de abordar la situación después de haber sido dejado en el banquillo durante la victoria en la Liga de Naciones.
Ronaldo anunció posteriormente que había decidido dejar la selección nacional.
"Después de la conferencia de prensa de la selección nacional, y tras una conversación con el Presidente de la Federación Portuguesa de Fútbol, he decidido dejar la selección nacional," escribió en Instagram.
"Con el tiempo, les diré a todos los portugueses la verdad sobre las razones que me motivaron a dejar la selección nacional, a la que siempre me he dedicado."
"Ahora es el momento de desearle buena suerte a Portugal y a todos mis compañeros, sin excepción."
La decisión llegó poco después de que Jesús abordara la situación en su propia conferencia de prensa.
El entrenador de Portugal dijo que no había habido ningún incidente importante entre él y Ronaldo, aunque reconoció que el delantero estaba descontento tras pasar el partido contra Noruega en el banquillo.
"No hubo ningún incidente en absoluto," dijo Jesús.
"Cualquier jugador - y yo fui jugador - cuando pasas 20 o 30 minutos calentando y luego no entras, nadie está contento con eso."
Jesús explicó que originalmente tenía la intención de usar a Ronaldo como sustituto, pero finalmente decidió no hacerlo.
"Después, como entrenador, decidí no hacerlo. No es nada por lo que hacer un escándalo," dijo.
También insistió en que el estatus de Ronaldo no influiría en sus decisiones.
"La forma en que estaba leyendo el juego (contra Noruega), él no entró," dijo Jesús.
"Porque no es Cristiano, así como nunca será ningún jugador el que cambie mis ideas como entrenador. ¡Nunca! Ni él, ni nadie en el fútbol. ¡Ni él, ni ningún presidente! ¡Nunca! ¡Cero!"
Goncalo Ramos comenzó contra Noruega y anotó el gol de la victoria, con Jesús indicando posteriormente que el delantero del AC Milan también comenzaría el próximo partido contra Dinamarca.
La salida de Ronaldo plantea nuevas preguntas sobre el futuro de su carrera internacional.
Recientemente había hablado sobre su deseo de seguir representando a Portugal, diciendo que aún creía que podía ayudar a la selección nacional y que se detendría cuando sintiera que ya no podía contribuir.
"Sigo creyendo que soy capaz de ayudar a la selección nacional a alcanzar lo que quieren, y terminaré cuando sienta que no estoy haciendo nada aquí," dijo Ronaldo anteriormente.
"Creo que puedo darle a la selección nacional mi apoyo, no solo a través de los goles, sino también fuera del fútbol."
Ronaldo ha ganado 234 partidos con Portugal y ha anotado 146 goles internacionales.
Su última decisión llega después de que su relación con Jesús fuera objeto de escrutinio solo unos meses después de que el entrenador asumiera el cargo de la selección nacional.
Jesús ha mantenido que su decisión de no usar a Ronaldo desde el banquillo contra Noruega fue puramente táctica.
Sin embargo, Ronaldo ha dicho que eventualmente explicará las razones detrás de su decisión de dejar la selección nacional.