Fernandes fue dejado en el banquillo durante la derrota en casa por 3-0 contra Bournemouth el domingo, después de cuestionar públicamente el enfoque del United durante su derrota por 4-1 en la Liga de Campeones ante Como.
La decisión suscitó preguntas sobre la relación entre la pareja, particularmente con Carrick bajo una creciente presión tras la decepcionante racha de resultados del United.
Sin embargo, el entrenador del United ha dejado claro que Fernandes sigue siendo una parte importante de sus planes y continuará llevando el brazalete de capitán.
La pareja se reunió en el campo de entrenamiento Carrington del Manchester United el martes, con sus discusiones destinadas a resolver cualquier problema pendiente y permitir que el club se concentre en mejorar sus actuaciones.
Hablando antes del encuentro de la Premier League del sábado contra Chelsea, Carrick desestimó las sugerencias de que se necesitaba tomar una decisión sobre la capitanía de Fernandes.
"No hay decisión que tomar al respecto," dijo.
"Escucha, estamos claros con la situación del equipo, y como club de fútbol, en este momento.
"Es un jugador importante para este grupo. Lo ha sido y lo será.
"Entre nosotros, tenemos que marcar la diferencia y tenemos que empujar las cosas en una buena dirección.
"Está completamente comprometido con este club de fútbol, está completamente comprometido a mejorar las cosas. No hay absolutamente ningún problema con eso."
La omisión de Fernandes contra Bournemouth atrajo considerable atención, particularmente después de que había sido crítico con el enfoque táctico del equipo tras la derrota en Italia.
El centrocampista había cuestionado la renuencia del United a presionar a sus oponentes de manera más agresiva, sugiriendo que el cuerpo técnico necesitaba reconsiderar su estrategia.
Carrick insistió posteriormente en que su decisión de dejar al capitán fuera se basó en consideraciones futbolísticas más que en cualquier acción disciplinaria.
Ha mantenido esa posición mientras deja claro que el desacuerdo no afectará las responsabilidades a largo plazo de Fernandes dentro del equipo.
"No cambia para mí. Fue una decisión por lo que sentimos para el partido contra Bournemouth. Eso es todo," añadió Carrick.
"Él es quien ha liderado al equipo tan bien durante muchos partidos y muchos años, y continuará haciéndolo. No hay absolutamente ningún problema con eso."
La confirmación llega en un momento importante para el United, con Carrick necesitando restaurar la confianza y encontrar una manera de mejorar los resultados.
Su derrota contra Bournemouth extendió una alarmante secuencia sin victorias, aumentando el escrutinio sobre el entrenador y la decisión del club de mantenerlo al mando.
El United ahora viajará a Stamford Bridge sabiendo que otra actuación decepcionante intensificaría la presión.
El regreso de Fernandes al once titular sigue siendo una decisión de selección separada, aunque su continua participación será significativa mientras Carrick intenta aportar mayor estabilidad al equipo.
Los comentarios del entrenador, sin embargo, eliminan una fuente de incertidumbre, con el internacional portugués manteniendo la capitanía y el respaldo de su entrenador.
Para Carrick, la prioridad inmediata es asegurar que las discusiones se traduzcan en actuaciones mejoradas, en lugar de permitir que el desacuerdo se convierta en otra distracción durante una campaña cada vez más difícil.