Thomas Tuchels Mannschaft war weit von ihrer besten Form entfernt, als sie DR Kongo knapp besiegte und zwei späte Tore von Kapitän Harry Kane benötigte, um ins Achtelfinale einzuziehen.
Rooney hielt nach dem Schlusspfiff mit seiner Einschätzung der Leistung nicht zurück.
"Für mich gibt es große Bedenken. Wir sind alle erfreut, dass England weitergekommen ist, aber insbesondere wenn England den Ball verliert, sind sie so offen", sagte Rooney gegenüber der BBC. "Gegen ein besseres Team denke ich, dass wir in großen Schwierigkeiten sind, wenn wir das nicht in den Griff bekommen.
"Die Verbindung zwischen Abwehr und Mittelfeld ist nicht gut, die Außenverteidiger haben Schwierigkeiten, Madueke hatte Probleme. Es gibt einfach keine Verbindungen und große Lücken in der Mitte des Spielfelds, und das ist eine große Sorge für mich.
"Er muss sich das wirklich ansehen, sonst fliegen wir raus."
England besiegte DR Kongo am Mittwoch, hatte jedoch große Teile des Spiels Schwierigkeiten und wird nun am Montagmorgen in Mexiko-Stadt gegen Mexiko antreten.
Rooney schlug auch vor, dass England auf die Erfahrung von Kyle Walker hätte zurückgreifen sollen, nachdem Tino Livramento verletzt wurde.
"Wir haben es schon früher gesehen, dass Spieler aus dem Ruhestand zurückgekommen sind... Ich denke, in dem Moment, als Tino Livramento sich verletzte, hätten sie sofort zum Telefon greifen sollen und Kyle Walker anrufen sollen", sagte Rooney.
"Kyle ist immer noch mehr als gut genug und mehr als fähig, in dieser England-Mannschaft zu spielen. Ich hätte ihn angerufen und gesagt: 'Hör zu, wir brauchen dich hier, kannst du rauskommen und uns helfen', denn das könnte uns wirklich kosten. Ich mache mir darüber Sorgen."
Rooney war auch kritisch gegenüber Djed Spences Leistung als Rechtsverteidiger.
Trotz seiner Bedenken reservierte Rooney besondere Lob für den Matchwinner Kane, der nun 13 WM-Tore erzielt hat.
"Sein Kopfball war brillant, aber das zweite Tor war unglaublich und er ist einfach ein erstklassiger Spieler", sagte Rooney. "Alle besten Spieler der Welt zeigen bei dieser Weltmeisterschaft ihr Können, er ist Englands Superstar, er ist der Held für uns.
"Es gibt ein paar Dinge, die sie klären müssen: Ich war mir über das Mittelfeld und die Abwehr in dieser Leistung nicht zu sicher, aber das Wichtigste im Fußball ist, dass man weiterkommt, und Harry Kane hat es wieder für uns geschafft."