Guimarães wechselte in diesem Sommer für 75 Millionen Pfund zu Arsenal, nachdem es langwierige Verhandlungen zwischen den beiden Vereinen gegeben hatte, während denen Newcastle United mehrere Angebote ablehnte, bevor man schließlich zustimmte, den brasilianischen Mittelfeldspieler zu verkaufen.
Er war ein fester Favorit der Fans in Tyneside, drängte jedoch Berichten zufolge auf den Wechsel, als Arsenal Interesse zeigte, was Newcastle dazu brachte, seinen Abgang widerwillig zu genehmigen.
"Wir wollten Bruno Guimarães nicht verlieren. Das war wirklich enttäuschend, dass wir am Ende an diesen Punkt gelangten, obwohl wir mit den Zahlen, die wir erreicht haben, zufrieden waren," sagte Wilson gegenüber Sky Sports.
"Das war nicht Teil unseres Plans. Alles andere, was während des Fensters geschah, war Teil des Plans."
Newcastles Sommer sah auch Sandro Tonali, der zu Tottenham wechselte, und Anthony Gordon, der den Verein verließ, wobei die Erlöse aus allen drei Verkäufen in Verpflichtungen wie Sean Steur, Lukas Hornicek, Amad Dedic und Nico Gonzalez reinvestiert wurden, während der Verein versuchte, seinen Kader umzugestalten und gleichzeitig die Finanzen im Gleichgewicht zu halten.
Die Unruhe wurde durch den überraschenden Abgang von Eddie Howe im August verstärkt, was von außen den Eindruck erweckte, dass das Transferfenster in ein Durcheinander geraten war, wobei der Sportdirektor nun damit beauftragt war, das Schiff zusammen mit einem neuen Cheftrainer zu stabilisieren.
Wilson wies diese Charakterisierung entschieden zurück.
"Ehrlich gesagt, es fühlte sich drinnen nie chaotisch an. Es hat keinen Sinn, so zu tun, als wäre es anders," sagte er. "Das bedeutet nicht, dass jeder einzelne Spieler, der verpflichtet wurde, der erste Name auf unserer Liste war, aber das ist in keinem Transferfenster der Fall. Offensichtlich waren wir ein paar Mal enttäuscht, aber das ist normal.
"Kein Verein geht in ein Transferfenster und erreicht am Ende alle Ziele, die er sich gesetzt hat. Wenn sie sagen, dass sie das getan haben, ist das eine Lüge."
Er fügte hinzu, dass Newcastle ihr Geschäft für die Saison als abgeschlossen betrachtete, jedoch nicht unbedingt endgültig, und die Tür für weitere Zugänge offen ließ.
"Wir haben einen Kader für die Saison aufgebaut. Das bedeutet nicht, dass wir im Januar keine weiteren Änderungen daran vornehmen könnten."