Karl, 18, hat zuvor über seine Bewunderung für die spanischen Giganten gesprochen und wird von Ballack vertreten, der während seiner Karriere für Bayern spielte.
In dem Kerners11-Podcast, sagte Ballack, die Kommentare des Teenagers seien aus dem Kontext gerissen worden.
"Sie fragten ihn: 'Welcher ist dein Lieblingsverein außer FC Bayern?' Dieser Teil wird oft weggelassen. Es war tatsächlich nichts falsch an dem, was er gesagt hat."
Ballack erklärte, dass Karl einfach über eine Ambition sprach, die er vielleicht später in seiner Karriere erfüllen möchte.
"Er sprach einfach über einen Traum, den er vielleicht eines Tages erfüllen möchte, indem er für Real Madrid spielt. Das hatte ich auch immer im Hinterkopf", sagte Ballack lachend.
Karl bleibt ein Spieler von Bayern München und wird als eines der vielversprechenden jungen Talente des Vereins angesehen, aber seine Kommentare haben unvermeidlich Spekulationen über seine langfristigen Ambitionen angeheizt.
Ballacks Erklärung deutet darauf hin, dass die Bemerkungen über Real Madrid eher einen persönlichen Traum als einen Hinweis darauf darstellen, dass Karl aktiv einen Wechsel von München anstrebt.