Portugals Kapitän sprach vor dem Nations-League-Spiel gegen Norwegen, nachdem Ronaldos Abgang die Länderspielpause überschattet hatte.
Ronaldo verließ das Camp nach seiner Auslassung aus der Startelf gegen Dänemark und sagte später, er würde seine Gründe "zu gegebener Zeit" erklären. Der 41-Jährige hat 146 Tore in 234 Einsätzen für Portugal erzielt.
Manchester United-Kapitän Fernandes sagte, er habe direkt mit Ronaldo gesprochen und wies die Vorschläge zurück, dass der Streit die Mannschaft spalten sollte.
"Um diese Angelegenheit einmal für alle Mal zu beenden, muss ich nicht mit meinen Kollegen sprechen", sagte Fernandes. "Wir wissen, wie wir mit unseren Situationen umgehen. Wir haben eine Situation, die nichts mit den Spielern zu tun hat, und unsere wichtigste Aufgabe ist es, Ergebnisse zu liefern."
Er fügte hinzu: "Ich hatte ein Gespräch mit Cris. Was ich ihm gesagt habe, ist, dass das Wichtigste, unabhängig davon, was passiert, ist, dass er niemals aufhören wird, das größte Symbol unserer Nationalmannschaft und unseres Landes zu sein, für alles, was er in Portugal und auf der ganzen Welt getan hat.
"Er hat einen reservierten Platz nicht nur unter den besten aller Zeiten, sondern auch in den Herzen des portugiesischen Volkes. Wir können uns nicht spalten; die Nationalmannschaft ist eins, und alle Parteien sollten ihre Probleme hinter geschlossenen Türen lösen. Ich denke, so wird es sein, und dass alles auf beiden Seiten gut enden wird."
Fernandes appellierte auch an die Unterstützer, während der Streit zwischen Ronaldo und Jorge Jesus ungelöst bleibt, keine Seiten zu wählen.
"Wir sind aus der Angelegenheit heraus; wir verbringen viel Zeit mit Kartenspielen und sind außerhalb der Kontroversen, die dieses Thema umgeben, aber ich bitte darum, dass das Land nicht gespalten wird, keine Entscheidungen trifft und alle Seiten akzeptiert.
"Cris wird immer das größte Symbol unserer Nationalmannschaft, des Weltfußballs sein und verdient den Respekt aller Portugiesen, unabhängig davon, wer ihn mehr oder weniger mag."
Jesus, der Ronaldo bei Al-Nassr trainierte, bevor er Roberto Martinez als Trainer von Portugal ablöste, bestand ebenfalls darauf, dass die Nationalmannschaft die Priorität bleiben muss.
"Der Fokus muss auf der Nationalmannschaft über alles andere liegen", sagte Jesus.
"In Bezug auf Norwegen müssen wir dafür sorgen, dass unser Volk auch mit der Flagge und dem Ziel im Einklang ist. Ronaldo ist ein Symbol der Nationalmannschaft und Portugals. Nach dem Spiel gibt es genug Zeit, um darüber zu sprechen."
Fernandes' Botschaft kommt, während Portugal versucht, den Ronaldo-Streit davon abzuhalten, die Vorbereitungen für ein weiteres Nations-League-Spiel zu beeinträchtigen. Der Mittelfeldspieler machte deutlich, dass, egal was als Nächstes passiert, er nicht glaubt, dass die Mannschaft über den größten internationalen Torschützen des Landes gespalten werden sollte.