Fernandez bekam schließlich seinen Wunsch in Form eines 125 Millionen Pfund schweren Transfers am Deadline-Day zu Manchester City, eine Summe, die dem britischen Transferrekord entsprach, der im vorherigen Sommer durch Liverpools Verpflichtung von Alexander Isak aufgestellt wurde, nachdem er zuvor mit einem Wechsel zu Real Madrid geliebäugelt hatte. Chelsea hielt bis zur maximal möglichen Gebühr durch, bevor sie den Verkauf genehmigten, aber die Verzögerung ließ sie ohne Ersatz im Mittelfeld zurück, nachdem ein später Versuch, Monacos Lamine Camara zu verpflichten, gescheitert war, als der französische Verein aus dem Deal ausstieg, eine Entwicklung, die Berichten zufolge Chelseas Hierarchie wütend machte.
Vizekapitän Fernandez hatte das Gefühl, dass er keine Beziehung mehr zu seinen Chelsea-Teamkollegen hatte, und reichte während des Sommers nicht nur einen, sondern zwei schriftliche Transferanträge ein, um einen Wechsel von Stamford Bridge zu erzwingen.
Seine Zeit im Westen Londons war bereits lange zuvor turbulent gewesen. Der Verein hielt zu ihm, nachdem er gefilmt wurde, wie er ein rassistisches Lied über die französische Nationalmannschaft sang, und gab ihm auch in der letzten Saison weiterhin Spielzeit, trotz dessen, was weithin als öffentliche Respektlosigkeit gegenüber dem Verein angesehen wurde. Auf dem Platz jedoch machte Chelsea einen gesunden Gewinn aus dem Deal, und Fernandez war eine Schlüsselperson in der Mannschaft, die den Klub-Weltmeistertitel und die Conference League gewann, als einer der ersten großen Verpflichtungen der BlueCo-Besitzeraera.
Sein Verhalten stand in scharfem Kontrast zu dem von Pedro Neto, der kürzlich mit einem neuen Vertrag bis 2032 belohnt wurde, trotz des Interesses von Manchester City und der Saudi Pro League, und stattdessen entschied, um seinen Platz unter Xabi Alonso zu kämpfen und eine neue Rolle als Außenverteidiger zu übernehmen.
Fernandez hatte auch den Verein in der letzten Saison öffentlich kritisiert, weil er Enzo Maresca nach Manchester City ziehen ließ, und sagte, er verstehe die Gründe für die Genehmigung des Abgangs des Italieners nicht.
"Ich verstehe es nicht. Manchmal gibt es Dinge, die wir als Spieler nicht verstehen, wie und auf welche Weise sie versuchen, die Dinge zu managen," sagte Fernandez damals. "Offensichtlich war es ein Abgang, der uns sehr wehgetan hat, besonders mitten in der Saison, es schneidet alles kurz. Wir hatten eine Identität.
"Er gab uns einen Befehl, obwohl, wie es im Fußball üblich ist, manchmal gut und schlecht ist. Aber er hatte immer eine sehr klare Identität, wenn es um Training und Spiel ging."
Fernandez und Maresca blieben nach dem Abgang des Italieners in regelmäßigem Kontakt, eine Freundschaft, die Berichten zufolge Chelsea während einer schwierigen Zeit sowohl auf als auch neben dem Platz enttäuschte, obwohl es nichts dagegen gibt, dass Spieler mit ehemaligen Trainern in Kontakt bleiben. Maresca machte Fernandez zu seinem Nummer-eins-Transferziel, als City in diesem Sommer ihr Mittelfeld umgestaltete, und verpflichtete auch Ayyoub Bouaddi und Elliot Anderson, während Rodri nach Barcelona gehen durfte.