Der 37-Jährige übernimmt, nachdem er die letzten 18 Monate Wacker Burghausen geleitet hat, und markiert einen neuen Schritt in seiner Trainerkarriere innerhalb einer der prestigeträchtigsten Akademien Europas.
Bayern München bestätigte die Ernennung als Teil ihres fortwährenden Fokus auf die Entwicklung von Elite-Jugendtalenten auf dem Campus des Vereins.
Bender, der zuvor eine lange Spielerkarriere in der Bundesliga genoss, darunter 12 Jahre bei Bayer Leverkusen, sagte, dass die Gelegenheit ein bedeutendes Privileg darstellt.
"Es ist ein Privileg, diese Rolle bei Bayern zu übernehmen", sagte Bender.
"Die Gespräche von Anfang an waren sehr positiv und ich freue mich auf die Herausforderung."
Bayerns Jugenddirektor Michael Wiesinger lobte die Ernennung und hob Benders Erfahrung sowohl als Spieler als auch als entwickelnder Trainer hervor.
Er wird voraussichtlich eng mit den Assistenten Philipp Deppner und Benjamin Kauffmann im Rahmen des U17-Teams zusammenarbeiten.
Der Schritt setzt Bayerns Strategie fort, ehemalige Profis in Schlüsselrollen der Akademie zu integrieren, um langfristige Entwicklungspfade für Spieler zu stärken.